一般谷子常见的有白发、黑穗、红叶、谷瘟病害和蝼蛄、粟灰螟、粘虫等虫害。

由于预防措施得当，推广几年来，有机黑小米却很少发生那些病虫害。这就体现了研究技术以及预防措施的重要性。

病虫害防治是为了减轻或防止病原微生物和害虫危害作物或人畜，而人为地采取某些手段，一般可以分为采用杀虫剂等化学物质进行的化学防治和利用光或射线等物理能或建造障壁的物理防治。种植有机黑小米的过程中，主要采取以下物理防治措施：

1.适时播种。不得早播，时间为小满节后十天期内，即5月21日至6月5日。目的是为了使谷子的开花期避开连阴雨季，保持充足的日照光晒，防止谷瘟病。这同农谚“晒出米，淋出秕”相一致。

2.盐水浸种。以清除草籽秕种，预防白发病和黑穗病。严禁药剂拌种。

3.田间后期管理。即谷子抽穗后，要拔除病株，去杂去劣。预防白发病，是将拔除的病株不喂养牲畜，须选离基地深埋或烧掉。

4.轮作倒茬，越冬防止。秋耕壮垄强调深耕，拣净谷茬，清除幼虫和虫卵。

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